A kék vércse a fiókanevelési időszakot követően augusztustól októberig kóborol. Elsősorban a költőterületeken, de olykor inváziószerűen megjelenik Nyugat-, sőt Észak-Európában is. Napközben kis csapatokban táplálkozik, estére azonban akár több ezer példány is összegyűlik. Az éjszakázó helyek kialakulásáról még keveset tudunk, de egyes magányos fákon, fasorokban és erdőfoltokban kialakult pihenőhelyeire tradicionálisan évről-évre visszatér.

A kék vércsék szeptember-októberben hagyják el Európát és széles frontban repülve (a Közel-Kelettől a teljes Kelet-Mediterrán régióig) vonulnak, az Afrika déli részein elterülő szavannákra, ahol a novembertől februárig terjedő időszakot töltik.

A kék vércsét az IUCN vörös listás fajként a csaknem veszélyeztetett (Near threatened) kategóriába sorolja. A kék vércse Magyarországon fokozottan védett faj, eszmei értéke 500.000 Ft., az Európai Madárvédelmi Irányelv irányelv első mellékletében (Annex 1) szerepel.

Világállománya 26.000-39.000 pár, melynek nagy része az orosz sztyeppterületeken költ, ezen kívül Ukrajna, Románia, és Magyarország rendelkezik jelentősebb állománnyal.

Hazánkban 2005-ben költő állományát 700-800 párra becslik, mely folyamatosan fogyatkozik.

A XX. század utolsó évtizedétől a kék vércse állományának jelentős csökkenése tapasztalható a teljes költőterületén is, melynek feltételezett okai:

• Fészkelőhely hiány (vetési varjú állomány csökkenése, pusztai erdőfoltok eltűnése, illegális fakivágás)
  
• Élőhelyvesztés (intenzív mezőgazdaság, hagyományos területkezelés /pl. legeltetés/ visszaszorulása)
  
• Áramütés, közúti elütések
  
• Ragadozók kártétele a fészkelő-telepeken
  
• Vonulási veszteségek, negatív hatások a telelőhelyen